El problema surge debido a que el archivo xml de la configuracion, tiene definido por default el nombre de la instancia "." es decir el nombre que llevaría por default el servidor SQL, pero si el nombre de la instancia es localhost\SQL2005 o localhost\Express (porque se realizó upgrade) es cuando surgen los problemas.
Para solucionar este detalle solo hay que ir a la ruta "c:\Archivos de programa\Microsoft SQL Server\90\DTS\binn" y buscar el archivo MsDtsSrvr.ini.xml, el cual hay que sustituir la etiqueta
Damos Los permisos Correspondientes:
Y por ultimo reiniciamos servicios:
Con eso debe ser suficiente :D